1、JC-1染色工作液的配制
六孔板每孔所需JC-1染色工作液的量為1mL，其他培養器皿的JC-1染色工作液的用量以此類推：對于細胞懸液每50～100萬細胞需0.5mLJC-1染色工作液。取適量JC-1（200×），按照每50μLJC-1（200×）加入8mL超純水的比例稀釋JC-1。劇烈震蕩充分溶解并混勻JC-1。然后再加入2mLJC-1染色緩沖液（5×），混勻后即為JC-1染色工作液。

2、陽性對照的設置：
把試劑盒中提供的CCCP（10mM）推薦按照1∶1000的比例加入到細胞培養液中，稀釋至10μM，處理細胞20分鐘。隨后按照下述方法裝載JC-1，進行線粒體膜電位的檢測。對于大多數細胞，通常10μMCCCP處理20分鐘后線粒體的膜電位會wan全喪失，JC-1染色后觀察應呈綠色熒光；而正常的細胞經JC-1染色后應顯示紅色熒光。對于特定的細胞，CCCP的作用濃度和作用時間可能有所不同，需自行參考相關文獻資料決定。

3、對于懸浮細胞
取10～60萬細胞，重懸于0.5mL細胞培養液中，細胞培養液中可以含血清和酚紅。
加入0.5mLJC-1染色工作液，顛倒數次混勻。細胞培養箱中37℃孵育20分鐘。
在孵育期間，按照每1mLJC-1染色緩沖液（5×）加入4mL蒸餾水的比例，配制適量的JC-1染色緩沖液（1×），并放置于冰浴。
37℃孵育結束后，600g4℃離心3～4分鐘，沉淀細胞。棄上清，注意盡量不要吸除細胞。
用JC-1染色緩沖液（1×）洗滌2次：加入1mLJC-1染色緩沖液（1×）重懸細胞，600g4℃離心3～4分鐘，沉淀細胞，棄上清。
再加入1mLJC-1染色緩沖液（1×）重懸細胞，600g4℃離心3～4分鐘，沉淀細胞，棄上清。再用適量JC-1染色緩沖液（1×）重懸后，用熒光顯微鏡或激光共聚焦顯微鏡觀察，也可以用熒光分光光度計檢測或流式細胞儀分析。

4、對于貼壁細胞
注意：對于貼壁細胞，如果希望采用熒光分光光度計或流式細胞儀檢測，可以先收集細胞，重懸后參考懸浮細胞的檢測方法。
對于六孔板的一個孔，吸除培養液，根據具體實驗如有必要可以用PBS或其它適當溶液洗滌細胞一次，加入1mL細胞培養液。細胞培養液中可以含有血清和酚紅。加入1mLJC-1染色工作液，充分混勻。細胞培養箱中37℃孵育20分鐘。
在孵育期間，按照每1mLJC-1染色緩沖液（5×）加入4mL蒸餾水的比例，配制適量的JC-1染色緩沖液（1×），并放置于冰浴。
37℃孵育結束后，吸除上清，用JC-1染色緩沖液（1×）洗滌2次。
加入2mL細胞培養液，培養液中可以含有血清和酚紅。
熒光顯微鏡或激光共聚焦顯微鏡下觀察。

5、對于純化的線粒體
把配制好的JC-1染色工作液再用JC-1染色緩沖液（1×）稀釋5倍。
0.9mL5倍稀釋的JC-1染色工作液中加入0.1mL總蛋白量為10～100μg純化的線粒體。用熒光分光光度計或熒光酶標儀檢測：混勻后直接用熒光分光光度計進行時間掃描（timescan），激發波長為485nm，發射波長為590nm。如果使用熒光酶標儀，激發波長不能設置為485nm時，可以在475～520nm范圍內設置激發波長。另外，也可以參考下面步驟6中的波長設置進行熒光檢測。
用熒光顯微鏡或激光共聚焦顯微鏡觀察：方法同下面的步驟6。

6、熒光觀測和結果分析檢測
JC-1單體時可以把激發光設置為490nm，發射光設置為530nm；檢測JC-1聚合物時，可以把激發光設置為525nm，發射光設置為590nm。注意：此處測定熒光時不必把激發光和發射光設置在最大激發波長和最大發射波長。如使用熒光顯微鏡觀察，檢測JC-1單體時可以參考觀察其它綠色熒光時的設置，如觀察GFP或FITC時的設置；檢測JC-1聚合物時可以參考觀察其它紅色熒光，如碘化丙啶或Cy3時的設置。出現綠色熒光說明線粒體膜電位下降，并且該細胞很可能處于細胞凋亡早期。出現紅色熒光說明線粒體膜電位比較正常，細胞的狀態也比較正常。

4℃避光保存，有效期一年